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富集表格

富集表格核心应用提供了通过使用 g:Profiler 的网站服务 对加载到 Cytoscape 中的任何网络的富集分析功能。单击 Enrichment Table 面板中的 Perform Gene Enrichment 按钮 或使用 Tools -> Enrichment Table -> Perform Gene Enrichment 菜单项来获取富集分析结果。

生物体和基因 ID

运行富集分析需要两个必要参数：

  • Organism：与查询基因相关的生物体
  • Gene ID：包含基因符号的节点表列

如果有足够的可用信息，两个参数均可以由 Enrichment Table 应用预测。

  • 在启动时通过处理网络中 species、organism、IntAct::species 列的数据对可能的 organism 进行预测。
  • 在启动时对 gene id 列通过如下方式预测：
    1. 从通用网络样式中检索 NODE_LABEL。
    2. 为 stringapp 网络选择 display name。

如果你想手动设置生物体和基因 ID 或者预测不正确，可以通过单击 Enrichment Table 面板中的齿轮按钮 更改 Network-specific enrichment panel settings 中的选项。

运行富集分析

可以通过 3 种方式运行富集分析：

  • 使用 Tools -> Enrichment Table -> Perform Gene Enrichment 菜单项。
  • 在 Cytoscape 的 Command Line 中输入 enrichment analysis 并回车。
  • 单击 Enrichment Table 面板中的 Perform Gene Enrichment 按钮 。

注意

默认情况下，以基因组为背景对当前网络的所有节点进行富集分析。如果选择了节点的子集，则仅使用完整网络作为背景对那些节点执行富集分析。

之后即可获得包含富集结果的表格。默认情况下，结果按照 \(p\) 值升序排列。

过滤结果

可以根据如下参数按类别和证据码过滤表格：

  • 单击 Filter enrichment table 按钮 使用过滤器。
  • 在类别中选择 Gene Ontology Biological Process，单击 OK。之后将得到一个过滤后的表格，表格顶部显示已过滤的行数和所有行数的摘要。
  • 再次打开过滤器面板并勾选 Remove redundant terms。单击 OK 查看应用两个过滤器后的结果。

图表

图表提供了可视化网络中每个节点一组项的能力。默认情况下会显示一个圆环图，对应前 5 个项。通过最右边的 Network-specific chart settings 按钮 更改项数量和图表类型。

  • 单击 Draw chart using default color palette 按钮 使用默认配置创建图表。
  • 单击 Reset charts 删除图表。
  • 单击 Network-specific chart settings 更改图表设置。

项选择

富集表格显示基于网络中所选节点的结果。如果未选择任何节点，则所有项均显示在表格中。选择一组节点时，将显示所有选定节点的项。同样，要可视化一个或多个富集项，请选择表格中的行，相应的节点将在网络中高亮显示。

可选配置

除了 Organism 和 Gene ID 列外，还可以通过更改其他参数来获取更精确的富集结果。这些选项在 Network-specific enrichment panel settings 中。例如，可以通过选择适当的冗余（Jaccard）截断值（默认为 0.5）来删除表中的冗余项。

Enrichment Map 生成

可以根据富集表格应用生成富集数据进而生成 Enrichment Map。这需要在 Cytoscape 中安装 Enrichment Map 应用。一旦 Enrichment Map 可用，单击 Enrichment Map 图表，指定输出文件名和关联截断，单击 OK 继续。

导出结果

富集表格应用提供将数据导出为 csv 格式表格的能力：

  • 单击 Export enrichment table 按钮。
  • 选择导出表格的文件位置和文件名。

默认文件扩展名为 .csv。

自动化

自动化用例也支持富集分析，基本命令语法为 enrichment analysis。你可以使用 organism 参数选择与查询基因关联的生物体，使用 geneID 参数选择带有基因符号的表格列。所有参数请参见这里。