样式¶

什么是样式？¶

Cytoscape 在网络可视化方面的优势之一是允许用户将任何表格数据（名称，类型，度，权重，表达式等）编码为网络的属性（颜色，节点大小，透明度，字体等）。这些编码或映射的表格数据的集合称为一个样式。通过控制面板中的 Style 面板可以创建或修改样式。在这个界面中，你可以轻松地定义网络的外观。例如：你可以为所有节点指定默认的颜色和形状：

根据节点的连通度设置节点大小。你可以直观地看到网络的中心：

或者设置节点标签的字体大小：

通过颜色渐变可视化基因表达数据：

将特定的物理实体编码为不同形状的节点：

使用特定的线型表示不类型的交互：

使用边权重控制边的透明度：

使用边的分数控制边的多个属性：

通过控制节点的不透明度来浏览极其密集的网络：

通过边捆绑和不透明度展示高度连接的区域：

在节点上添加图片或图表：

Cytoscape 3 包含多种示例样式。以下是应用在 galFiltered.sif 网络中的一些示例：

样式界面简介¶

Style 界面位于控制面板的 Style 面板中。

在这个界面中允许你使用 Current Style 选项在不同样式之间创建/删除/查看/切换。面板显示给定样式的详细映射信息，同时可以用于编辑这些信息。

此界面允许你使用下拉菜单和选项菜单创建/删除/查看和在不同样式之间切换。选择特定样式后，Style 面板会显示给定样式的详细信息，也可用于编辑这些详细信息。

界面顶部有一个用于选择预定义样式的下拉菜单。
可用样式列表可使用搜索字段进行搜索。
Show only Applied Styles 按钮将过滤列表以仅显示应用的样式。
单击 Edit... 按钮可以编辑可用样式列表。这将显示一组用于选择和删除样式的按钮。
还有一个 Options 按钮，其中包含重命名、删除、创建和复制样式的选项，以及为所选样式创建图例的选项。
界面主区域由 4 个选项卡组成，分别是 Node，Edge 和 Network，以及一个 Column 选项卡，用于在 Table 面板的 Node 和 Label 表格中的各列上设置映射。请注意，从 Cytoscape 3.10 开始，Column 样式将保存为当前样式的一部分。
每个选项卡包含与当前样式相关的属性列表，默认显示一部分属性。在列表顶部可以使用 Properties 下拉菜单为其添加额外的属性，显示所有属性或将当前显示的属性保存为默认值。
列表中的每个属性有 3 列：
- Default Value 显示该属性的默认值。单击任意属性的 Default Value 可以更改默认值。
- Mapping 显示该属性当前使用的映射类型。单击任意属性的 Mapping 会展开属性条目并显示映射关系编辑界面。有关提供的映射类型的详细信息请参见这里。
- Bypass 显示所选节点或边的旁路样式。请注意，必须选择一个或多个节点/边时才能激活 Bypass。单击 Bypass 可以为选定的节点/边设置旁路样式。Column 样式没有 Bypass 选项。

Default Value 用做没有为属性定义映射或者特定属性的映射未能涵盖的节点/边的默认值。如果属性定义了 Mapping，则根据映射的定义来确定所有或部分节点/边的样式。一组选定节点/边的 Bypass 将会覆盖默认值和定义的映射。

样式简介¶

Cytoscape 发行版包含了几种预定义的样式来帮助大家入门。通过如下示例可以尝试这些样式：

步骤 1 载入样本数据

载入一个示例会话文件：从主菜单选择 File -> Open...，然后选择文件 sampleData/galFiltered.cys。
会话文件包含一个网络、一些注释和示例样式。默认情况下启用 galFiltered Style 样式。每个节点的基因表达值按照蓝色和黄色进行渐变着色（其中蓝色表示低表达率，黄色表示高表达率）。同时，节点大小映射为节点的度，所以网络中的 hub 为较大的节点。如下图所示：

步骤 2 在不同样式之间切换

你可以通过 Style 面板顶部的 Current Style 下拉列表来切换样式。

例如，如果选择 Sample1，一个新的样式会应用到网络中，此时可以看到一个白色背景和圆形蓝色节点的结果。放大后可以看到蛋白质和 DNA 之间的交互作用（用标签 pd 指定）用虚线绘制，蛋白质和蛋白质之间的交互作用（用标签 pp 指定）用实线绘制。

如果选择 Solid 样式，可视化结果如下：

该样式除了节点/边标签外没有其他映射，但你可以通过修改任意属性的 Default Value 来修改网络样式。

sampleData 目录中的 sampleStyles.xml 文件提供了其他示例样式。你可以利用 File -> Import -> Styles form File... 导入样式文件。

节点、边、网络和列属性列表¶

Cytoscape 允许控制多种属性，相关汇总如下表。默认情况下，某些属性在列表中可见，其他属性可以从 Properties 下拉菜单添加到列表中。

节点属性	描述
Border Line Type	节点边框的线型。
Border Transparency	节点边框的透明度。0 表示完全透明，255 表示完全不透明。
Border Width	节点边框的宽度。该属性默认不显示。
Label	节点标签文本。该属性默认不显示。
Label Background Color	节点标签背景颜色。仅在使用 `Label Background Shape` 时使用。
Label Background Shape	节点标签背景形状。默认为 None。仅在使用 `Label Background Color` 时使用。
Label Background Transparency	节点标签背景透明度。0 表示完全透明，255 表示完全不透明。
Label Font Face	节点标签字体。
Label Font Size	节点标签字体大小。该属性默认不显示。
Label Position	节点标签相对于边的位置。
Label Transparency	节点标签的透明度。0 表示完全透明，255 表示完全不透明。
Label Width	节点标签最大宽度。如果节点标签超过指定宽度，则 Cytoscape 会自动在空白字符处截断。Cytoscape 不会对文字截断，这意味着如果单个单词超过最大宽度，则该单词显示会超过最大宽度。
Nested Network Image Visible	用于指示是否可视化嵌套网络的布尔值（假设指定节点存在嵌套网络）。
Padding (Compound Node)	复合节点（包含其他节点的节点）的内边距。
Paint	整个节点的颜色，包括边框、标签和选定的画板。
Border Paint	节点边框的颜色。该属性默认不显示。
Image/Chart 1-9	用户自定义的节点图形（图像、图标或渐变）。`Image/Chart 1` 默认显示，其他可以通过 `Properties -> Paint -> Custom Paint n -> Image/Chart n` 下拉菜单添加到列表中。
Image/Chart Position 1-9	每个图形（图像、图标或渐变）的位置。该属性（最多 9 个）可以通过 `Properties -> Paint -> Custom Paint n -> Image/Chart Position n` 下拉菜单添加到列表中。
Fill Color	节点的颜色。该属性默认不显示。
Label Color	节点标签的颜色。该属性默认不显示。
Selected Paint	节点选中时的颜色。
Shape	节点的形状。该属性默认不显示。
Shape (Compound Node)	复合节点（包含其他节点的节点）的形状。
Size	节点的大小。宽度和高度相同。此属性与 Node Height 和 Node Width 互斥。该属性默认不显示。
Image/Chart Size 1-9	相关节点图表的大小。`Image/Chart 1` 默认显示，其他可以通过 `Properties -> Size -> Image/Chart Size n` 下拉菜单添加到列表中。
Height	节点的高度。高度与宽度无关，与 Node Size 互斥。该属性默认不显示。
Width	节点的宽度。宽度与高度无关，与 Node Size 互斥。该属性默认不显示。
Fit Custom Graphics to node	切换图表适配节点大小。
Lock node width and height	切换锁定节点宽度和高度，使用 Size 作为两个属性的值。
Tooltip	鼠标悬停在节点上时显示的提示文字。
Transparency	节点颜色的不透明度。0 表示完全透明，255 表示完全不透明。
Visible	设置为 false 时隐藏该节点，默认情况下值为 true。
X Location	节点的 X 坐标。默认值将被忽略，仅当定义了映射函数时才使用该值。
Y Location	节点的 Y 坐标。默认值将被忽略，仅当定义了映射函数时才使用该值。
Z Location	节点的 Z 坐标。默认值将被忽略，仅当定义了映射函数时才使用该值。

边属性	描述
Bend	边弯曲。定义如何渲染边。用户可以添加多个控制柄来定义边线条的弯曲。
Curved	如果 Edge Bend 定义，则边会被渲染为直线或曲线。如果值设置为 true，则边会被渲染为曲线。
Label	边标签文本。
Label Autorotate	控制每个边标签的 `Label Rotation`。如果值为 true，则边标签将自动旋转，使标签与边对齐。如果值为 false，则边标签将水平放置。
Label Background Color	边标签背景颜色。仅在使用 `Label Background Shape` 时使用。
Label Background Shape	边标签背景形状。默认为 None。仅在使用 `Label Background Color` 时使用。
Label Background Transparency	边标签背景透明度。0 表示完全透明，255 表示完全不透明。
Label Font Face	边标签文本的字体。
Label Font Size	边标签文本的字体大小。
Label Position	边标签相对于节点的位置。
Label Rotation	边标签的角度，默认为 0。
Label Transparency	边标签颜色的不透明度。0 表示完全透明，255 表示完全不透明。
Label Width	边标签宽度。
Line Type	边线条类型（实线，虚线等）。
Paint	选择和非选择状态下整个边（线条和箭头）的颜色。
Color (Selected)	选择状态下整个边（线条和箭头）的颜色。该属性可以通过 `Properties -> Paint -> Color (Selected) -> Color (Selected)` 下拉菜单添加到列表中。
Color (Unselected)	非选择状态下整个边（线条和箭头）的颜色。该属性可以在 `Properties -> Paint -> Color (Unselected) -> Color (Unselected)` 下拉菜单中找到。
Source Arrow Selected Paint	选择状态下边在源节点端箭头的颜色。该属性可以通过 `Properties -> Paint -> Color (Selected) -> Source Arrow Selected Paint` 下拉菜单添加到列表中。
Label Color	边标签颜色。该属性可以在 `Properties -> Paint -> Label Color` 下拉菜单中找到。
Source Arrow Shape	边在源节点端箭头的形状。
Source Arrow Size	边在源节点端箭头的大小。
Source Arrow Unselected Paint	非选择状态下边在源节点端箭头的颜色。该属性可以在`Properties -> Paint -> Color (Unselected) -> Source Arrow Unselected Paint` 下拉菜单中找到。
Stacking	确定当一对节点之间存在多条边时如何可视化边。
Stacking Density	当一对节点之间有多个边时，边之间的间距。
Stroke Color (Selected)	选择状态下边线条的颜色。该属性可以通过 `Properties -> Paint -> Color (Selected) -> Stroke Color (Selected)` 下拉菜单添加到列表中。
Stroke Color (Unselected)	非选择状态下边线条的颜色。该属性可以在 `Properties -> Paint -> Color (Unselected) -> Stroke Color (Unselected)` 下拉菜单中找到。
Target Arrow Selected Paint	选择状态下边在目标节点端箭头的颜色。该属性可以在 `Properties -> Paint -> Color (Selected) -> Target Arrow Selected Paint` 下拉菜单中找到。
Target Arrow Shape	边在目标节点端箭头的形状。
Target Arrow Size	边在目标节点端箭头的大小。
Target Arrow Unselected Paint	非选择状态下边在目标节点端箭头的颜色。该属性可以在 `Properties -> Paint -> Color (Unselected) -> Target Arrow Unselected Paint` 下拉菜单中找到。
Tooltip	当鼠标悬停在边上显示的提示文字。
Transparency	边透明度。0 表示完全透明，255 表示完全不透明。
Visible	设置为 false 时隐藏该边，默认情况下值为 true。
Width	边线条宽度。
Z Order	重叠边的顺序。具有较低值的边将在具有较高值的边下方。默认值将被忽略。只有在定义映射函数时才会使用该值。
Edge color to arrows	如果设置为 true，则将 Color (Unselected) 应用于整个边，包括线条和箭头。该属性可以在 `Properties -> Paint -> Color (Unselected) -> Edge color to arrows` 下拉菜单中找到。

网络属性	描述
Annotation Selection	注释是否可以被选中。如果设置为 false，则无法选中注释。避免直接通过 Style 面板修改此属性。
Background Paint	网络视图的背景色。
Center X Location	网络视图中心的 X 坐标。
Center Y Location	网络视图中心的 Y 坐标。
Edge Selection	边是否可以被选中。如果设置为 false，则无法选中边。避免直接通过 Style 面板修改此属性。
Force High Detail	网络视图的细节级别策略。如果为 true，则视图元素始终以高细节呈现。如果为 false，Cytoscape 将自动选择何时降低细节级别以提高性能。
Node Label Selection	节点标签是否可以被选中和手动修改位置。避免直接通过 Style 面板修改此属性。
Node Selection	节点是否可以被选中。如果设置为 false，则无法选中节点。避免直接通过 Style 面板修改此属性。
Scale Factor	网络视图的缩放级别。
Size	网络视图的大小（宽度和高度）。该属性可以在 `Properties -> Size -> Size` 下拉菜单中找到。
Background Paint	网络视图的背景色。
Height	网络视图的高度。该属性可以在 `Properties -> Size -> Height` 下拉菜单中找到。
Width	网络视图的宽度。该属性可以在 `Properties -> Size -> Width` 下拉菜单中找到。
Title	网络视图的标题。

列属性	描述
Cell Background Paint	表格/列单元格的背景颜色。
Cell Font Face	表格/列单元格文本的字体。
Cell Font Size	表格/列单元格文本的字体大小。
Cell Image/Sparkline	在表格/列单元格中添加图像或图表。
Cell Text Paint	表格/列单元格中文本的颜色。
Cell Tooltip	显示在表格/列单元格文本上的提示。

可用的形状和线型¶

形状和线型	示例
节点形状
线型
箭头形状

边堆叠¶

当一对节点之间有多个边时，边堆叠属性决定了边的可视化方式。

边堆叠	示例
Auto Bend	当选择 `Auto Bend` 后，一对节点之间的第一条边将绘制为直线，然后将后续边绘制为距第一条边渐增距离的曲线。这将创建扇形样式的可视化。
Haystack	`Haystack` 边被绘制为从源节点到目标节点的直线，从每个节点的中心沿某个角度随机放置。以这种方式，许多平行的 `Haystack` 边缘形成一个紧密的束，尤其是在半透明时。这使得 `Haystack` 边成为可视化具有大量平行边的图形的有效方法。注意：当启用 `Haystack` 边时，边的箭头将不可见。

映射如何工作¶

对于每个属性，你可以指定默认值或定义动态映射。Cytoscape 当前支持 3 种不同类型的映射：

直通映射（Passthrough Mapping）：网络列数据的值直接传递给属性。直通映射通常用于指定节点/边的标签。例如：一个直通映射可以用通用基因名称标记所有节点。
离散映射（Discrete Mapping）：离散类型列数据可以映射到离散属性。例如：一个离散映射可以将不同类型的分子映射到不同的节点形状，比如用矩形表示基因产物，用椭圆表示代谢物。
连续映射（Continuous Mapping）：根据属性不同，连续数据到属性有 3 种情况：
- 连续到连续映射（Continuous-to-Continuous Mapping）：例如：可以将连续值映射到节点大小。
- 颜色渐变映射（Color Gradient Mapping）：这是连续到连续映射的特殊情况，连续的数值被映射到一个渐变颜色。
- 连续到离散映射（Continuous-to-Discrete Mapping）：例如：所有小于 0 的值都映射为正方形节点，所有大于 0 的值都映射为圆形节点。但请注意，无法实现在圆形节点和方形节点之间的平滑变形。

下表展示了对于不同属性映射的支持：

图例

标识	描述
-	映射无法支持指定的属性。
+	映射完全支持指定的属性。
o	映射部分支持指定的属性。不支持连续到连续的映射。

节点映射

节点属性类型	节点属性	直通映射	离散映射	连续映射
颜色	Fill Color	+	+	+
颜色	Transparency	+	+	+
颜色	Border Paint	+	+	+
颜色	Border Transparency	+	+	+
颜色	Label Color	+	+	+
颜色	Label Transparency	+	+	+
数值	Size/Width/Height	+	+	+
数值	Label Font Size	+	+	+
数值	Border Width	+	+	+
数值	Label Width	+	+	+
数值	Padding (Compound Node)	+	+	+
数值	Image/Chart Size	+	+	+
其他	Border Line Type	+	+	o
其他	Shape	+	+	o
其他	Shape (Compound Node)	+	+	o
其他	Label	+	+	o
其他	Tooltip	+	+	o
其他	Label Font Face	+	+	o
其他	Label Position	-	+	o
其他	Nested Network Image Visible	+	+	o
其他	Image/Chart	o	+	o
其他	Image/Chart Position	-	+	o

边映射

边属性类型	边属性	直通映射	离散映射	连续映射
颜色	Color	+	+	+
颜色	Transparency	+	+	+
颜色	Target Arrow Color	+	+	+
颜色	Source Arrow Color	+	+	+
颜色	Label Color	+	+	+
颜色	Label Transparency	+	+	+
数值	Width	+	+	+
数值	Label Font Size	+	+	+
数值	Label Width	+	+	+
其他	Line Type	+	+	o
其他	Bend	-	+	o
其他	Curved	+	+	o
其他	Source Arrow Shape	+	+	o
其他	Target Arrow Shape	+	+	o
其他	Label	+	+	o
其他	Tooltip	+	+	o
其他	Label Font Face	-	+	o
其他	Stacking	-	+	o
其他	Stacking Density	+	+	o

文本直通映射¶

在 Cytoscape 2.8.0 和更高版本中，直通映射可以识别一些值的文本表示。这意味着，如果有一个名为 Node Size Values 的字符串数据列，可以通过设置 Node Size Values 为节点大小直通映射的控制列来直接将这些值映射为节点大小。支持如下值类型：

颜色：所有浏览器支持的标准颜色名称或十六进制 RGB 颜色。
数值：自动映射到指定属性。
图片：URL 字符串。如果该 URL 有效，并且为实际存在的图像，则 Cytoscape 会自动下载并映射到该节点。

示例¶

颜色直通映射

节点大小直通映射

图表直通映射

图像、图表和渐变¶

Cytoscape 允许为节点自定义图形。使用 Style 界面可以同其他属性一样将 Image/Chart 属性映射到节点。Cytoscape 提供了一组可用图像，同时你也可以在 Image Manager 中添加、修改和删除图像。

管理图像¶

通过 View -> Open Image Manager... 菜单可以打开图像管理器。

你可以通过拖放图像文件来添加图像。
单击 Add Images 按钮并在 From File 或 From URL 下添加图像来从本地系统或 Web 端添加图像。
如需从文件夹添加一张或多张图像，请在 From File 下添加所有图像。
要从当前绘画的图像库中删除图像，只需要选择一个或多个图像并单击 Remove Selected Images 按钮即可。

在样式中使用图形¶

通过 Style 界面，可以像其他属性一样使用和定义节点图形。共有 9 个 Image/Chart 属性。

Cytoscape 提供 3 种图形（通过 Graphics 对话框的选项卡选择）：
- 图像：你可以选择任意提供的图像，也可以添加自己的图像（单击 Add Images... 按钮添加更多图像）。
- 图表：可用的图表类型如下：条形图，箱线图，热力图，折线图，饼图，环形图。
- 渐变：你可以为节点设置线性和径向渐变。

要添加图形，首先在 Style 界面中将一个 Image/Chart 属性添加至属性列表中（在 Node 选项卡中选择 Properties -> Paint -> Custom Paint n -> Image/Chart n）。之后，单击 Image/Chart 属性中的 Default Value 调出 Graphics 对话框。选择一个图像、图表或是渐变，然后单击 Apply。默认情况下，图像会自动调整大小并与 Node Size 属性保持一致。
单击 Graphics 对话框顶部的 Remove Graphics 按钮来删除图像、图表或渐变。

图形位置¶

每个 Image/Chart 属性都与一个位置相关联。你可以使用具有相同编号的 Image/Chart Position 属性的 Default Value 列中的可用 UI 来编辑其位置。例如：修改 Image/Chart Position 2 来改变 Image/Chart 2 的位置。

注意

对于图像位置设置线性或径向渐变是无效的，因为他们始终位于节点的中心。

Z 轴顺序¶

与 Image/Chart 属性一起显示的数字表示图层的顺序。首先会渲染节点的基本颜色和形状，然后依次是 Image/Chart 1, 2, ... 一直到 9。

保存和加载图像¶

通常，保存和加载图像是自动的。当你退出 Cytoscape 时，图像管理器中的所有图像将被自动保存。有 2 种保存类型：

保存到会话文件。将当前会话保存到文件时，当前样式中使用的图像也将保存到该文件中。例如：如果你的某个样式具有针对 Image/Chart 1 的离散映射，则该样式中使用的所有图像都将保存到会话文件中。其他图像将不会保存在你的会话文件中。这是因为当你向图像管理器中添加数千张图像时，图像库可能会很大，保存和加载会话文件将需要很长时间。
自动保存至 CytoscapeConfiguration/images3 目录。当你选择 File -> Quit（Windows 或 Linux）或 Cytoscape -> Quit Cytoscape（macOS），所有图像管理器中的图片会自动保存到你的 Cytoscape 配置目录。通常保存在 YOUR_HOME_DIRECTORY/CytoscapeConfiguration/images3 中。

在任何情况下，图像都会自动保存到你的系统或会话中，并且在你重启 Cytoscape 或加载会话时被还原。

样式教程¶

下面教程演示了样式的一些基本功能，每个教程都是相互独立的。

教程 1：创建基本样式和设置默认值¶

本教程的目的是学习如何创建新样式并设置默认值。

通过 File -> Import -> Network from Files...，选择 sampleData/galFiltered.sif 来加载示例网络。
创建节点/边的统计信息：Network Analyzer 可以计算节点和边的一些基本统计信息。从主菜单中选择 Tools -> Analyze Network，单击 OK。所有的统计结果都存储为常规表格数据。
选择控制面板中的 Style 面板。
创建一个新样式：单击下拉菜单，选择 Create New Style...。在弹出的对话框中输入新样式的名称。

由于尚未设置映射，仅对于一些属性定义了默认值。在这个面板中，你可以创建用于节点/边映射的所有属性。
更改默认的节点颜色和形状：单击 Shape 属性的 Default Value 列，设置节点的默认形状为三角形。在可用节点形状的列表中选择 Triangle，然后单击 Apply 按钮。你可以使用相同的方式编辑其他默认值。在如下示例中，节点形状设置为圆角矩形，填充颜色设置为白色。新样式会自动应用于当前网络，如下图所示：

教程 2：使用离散映射创建新样式¶

本节教程将演示如何使用离散映射创建新样式。目标是将蛋白质和 DNA 的交互作用画成虚线，将蛋白质和蛋白质的交互作用画为实线。

查找属性：在 Style 面板的 Edge 选项卡中，找到 Stroke Color (Unselected) 属性。如果在属性列表中不可见，可以通过 Properties -> Paint -> Color (Unselected) -> Stroke Color (Unselected) 下拉菜单进行添加。
选择用于映射的数据列：单击右侧的箭头图标展开 Stroke Color (Unselected) 条目。单击 Column 条目并从下拉菜单中选择 interaction。
设置映射类型：在 Mapping Type 中选择 Discrete Mapping，将显示所有 interaction 可用的数据列，如下图所示。
设置映射值：单击 pd（蛋白质和 DNA 交互）旁边的空白单元格。在单元格的右侧，单击 ... 按钮。将出现一个弹出窗口，其中包含所有可用的调色板和颜色集合，你可以从任何调色板中选择一种颜色。选择绿色或类似的，更改将立即出现在网络窗口中。

对 pp（蛋白质和蛋白质交互）重复步骤 4，但选择较深的颜色。然后对 Line Type 属性重复步骤 3 和 4 从列表中选择 Dash 和 Solid 线型。

现在，网络中的 pd 交互将显示为绿色的虚线，pp 交互将显示为实线。示例如下图所示：

教程 3：使用连续映射创建新样式¶

本节教程将演示如何使用连续映射创建新样式。目的是将节点的统计信息（本示例中为节点的度）通过颜色渐变的形式展现在网络上。

查找属性：在 Style 面板的 Node 选项卡中找到 File Color 属性。如果在属性列表中不可见，可以通过 Properties -> Paint -> Fill Color 来添加。
设置节点数据列：单击右侧的箭头图标展开 Fill Color 条目。单击 Column 并从下单列表中选择 Degree。
设置映射类型：在 Mapping Type 中选择 Continuous Mapping，这会基于 Degree 列的数据范围自动创建一个默认映射。
定义调色板。建议从现有提供的调色板中选择一个，但你也可以自行选择颜色状态并设置任意数量的中间色。如下介绍这两种方法。
- 从调色板中选择一个预定义的调色板。这些是来自科学和制图应用出版物建议的颜色，例如 BrewerColors。单击 Continuous Mapping Editor 左上方的 Current Palette 按钮从一组调色板中进行选择。下图为用于选择一个完整调色板的 Set Palette 对话框。在本教程中，我们选择 green shades 调色板。请注意，任何调色板都可以通过选择反转颜色来反转。
- 定义颜色的改变点。双击 Current Mapping 旁边的黑白渐变矩形打开 Continuous Mapping Editor。注意渐变顶部的两个小三角形。
定义点之间的颜色：双击最左边较大的三角形，将出现一个调色板。将颜色设置为白色，然后对左侧较小的三角形重复此操作。对右侧的三角形，将颜色设置为绿色，然后对右侧较小的三角形选择相同的颜色。

颜色渐变会立即应用在网络上。所有度为 1 的节点都将被设置为白色，1 到 18 之间的所有值将被设置为白色到绿色的渐变，如下图所示：

对于其他属性重复此操作：你可以为其他数值类型数据创建连续映射。例如，边数据表中的 Edge Betweenness 为数值，也可以将其用作连续映射。下图为将 Edge Betweeness 映射为边宽度的示例：

教程 4：为离散映射设置自动值¶

本节的目的是学习如何为离散映射生成自动值。

将 Current Style 最小化，此时网络如下图所示：
为 Fill Color 创建离散映射。选择由 Network Analyzer 计算得到的 AverageShortestPathLength 作为控制属性。
右键单击 Fill Color 单元格，选择 Mapping Value Generators -> Rainbow。Cytoscape 将为所有属性自动生成不同的颜色，如下图所示：
为 Label Font Size 创建离散映射。选择 AverageShortestPathLength 作为控制属性。
右键单击 Label Font Size 单元格，选择 Mapping Vbalue Generators -> Number Series。键入 3 作为第一个值，然后单击 OK。输入 3 作为增量。
应用 Layout -> yFiles Organic Layout，最终视图如下所示：

该映射生成器对于分类数据十分有用。下图展示了将物种列离散映射为节点颜色：

教程 5：在样式中使用图像¶

本节教程为设置节点图像的一个快速介绍。作为样式的一部分，每个节点最多设置 9 个图像。

我们使用 Cytoscape 3 中的预设作为第一个示例。通常，你可以使用任何类型的图像，在作为样式之前，你需要将其添加到 Image Manager 中。
如果你已经完成了上面的教程可以跳过这一步。否则，加载一个网络后运行 Network Analyzer（Tools -> Analyze Network）。这将创建几个新的数据列（节点和边的统计信息）。
单击控制面板中的 Style 面板，选择 Solid 样式。
如果 Image/Chart 1 不在属性列表中，可以通过 Properties -> Paint -> Custom Paint 1 -> Image/Chart 1 下拉菜单添加。
单击 Image/Chart 1 条目中的 Default Value 单元格打开 Graphics 对话框。
从列表中选择任意图像，然后单击 Apply。
单击节点 Transparency 的 Default Value 单元格，然后将该值设置为 0。
设置节点 Size 的 Default Value 为 80。
设置节点 Label Font Size 的 Default Value 为 10，以提高可读性。
设置边 Width 为 6。现在网络应如下图所示：
通过 Veiw -> Open Image Manager... 打开图像管理器。下载图标，单后单击 Add Images 按钮将其添加到图像管理器，然后选择该图标。
为 Image/Chart 2 创建一个连续映射，选择 BetweennessCentrality 作为控制属性。双击 Current Mapping 单元格打开 Continuous Mapping Editor。
在 Continuous Mapping Editor 中，单击 Add 按钮添加一个控制点，将控制点移动至 0.2。双击大于 0.2 的区域并设置上一步添加的图标。
在 Properties -> Paint -> Custom Paint 2 -> Image/Chart Position 2 下拉菜单中添加 Image/Chart Position 2 属性。单击 Default Value 单元格将图像位置移动至左上角。

注意网络中的重要节点（具有高介数中心度）将用图标注释。

教程 6：创建节点图表¶

本节教程目标是学习如何从节点数据表创建和自定义节点图表。

启动一个新会话并加载示例网络。通过主菜单 File -> Import -> Network from File... 选择 sampleData/galFiltered.sif。
使用 Network Analyzer 创建节点和边的统计信息。通过主菜单中的 Tools -> Analyzer Network... 并单击 OK 计算节点和边的基础统计信息。所有统计信息将存储为常规表格数据。
在控制面板中选择 Style 面板。
创建新样式：单击下拉菜单，选择 Creae New Style。在弹出的对话框中输入新样式的名称。
如果 Image/Chart 1 没有在属性列表中，通过 Properties -> Paint -> Custom Paint 1 -> Image/Chart 1 添加。
单击 Image/Chart 1 条目的 Default Value 单元格打开 Graphics 对话框。
单击 Charts 选项卡并确保 Bar Chart 选项卡被选中。
选择数据列：你需要在节点数据表中选择用于图表显示的数据列。Available Columns 列表显示可用于作图的所有数据列。
- 首先单击 Remove All 按钮删除当前选定的列（默认情况下，Cytoscape 会选择 Available Columns 列表中的第一列）。
- 之后从 Available Columns 选择所有中心度和相关度列，单击 Add Selected 按钮。
单击 Apply 按钮利用选择的数据列和默认选项创建条形图。
目前网络视图看起来不太好，所以我们需要对样式继续进行一些修改。在下面的示例中，节点的形状设置为矩形，节点的填充颜色设置为白色。
聚焦一个节点来查看图表的详细信息。例如，搜索 YMR043W 聚焦节点。
选择其他图表选项：单击 Image/Chart 1 属性的 Deafult Value 单元格打开 Graphics 对话框，然后选择 Bar Chart 编辑器上的 Customize 选项。

在面板中，你可以：
- 选择另一种配色方案或独立设置所有颜色。
- 显示/隐藏 Value 和 Domain Labels，并设置 Domain Label Position。
- 更改图表方向。
- 显示/隐藏坐标轴。
- 更改坐标轴和柱的线宽和颜色。
- 增加或减少柱之间的间距（最大为图表宽度的 50%）。
注意

其他图表类型提供不同的选项。
选中 Show Domain Axis 和 Show Range Axis 并应用。此时，节点图表如下所示：
默认的 Domain Labels 并不是很有用，我们可以设置更好的标签：
- 在节点表格中，创建一个新的字符串列表类型的数据列，命名为 domain_labels。
- 双击新建列中的任意一个单元格，键入 ["Bet. Cent.","Closen. Cent","Clust. Coeff.","Topol. Coeff."]。
- 右键单击同一个单元格，然后选择应用于整列。
- 打开图表编辑器，然后选择 Options 面板。
- 在 Domain Labels Column 下拉框中选择 domain_labels。
- 在 Domain Labels Position 下拉框中选择 Up 45°。
标签现在如下所示：

教程 7：为节点表的列创建样式¶

本教程的目标是为 Node Table 中的列设置样式。Style 界面的 Column 选项卡为一组表格单元格属性提供默认和映射样式选项，在本教程中，我们将使用 Cell Background Paint 和 Cell Font Face。Column 样式没有 Bypass 选项。

通过 View -> Show Starter Panel 打开 Yeast Perturbation 示例文件。
在 Style 面板顶部的 Column 选项卡，单击加号并选择 Table 列中的 Node。
接下来，在 Column 下拉列表中选择要添加样式的数据列，在本例中为 gal80Rexp 列。
在 Cell Background Paint 的映射列中选择 gal80Rexp 并选择默认的红蓝连续映射。这将为 Node Table 中相应列中的单元格的背景着色。
在 Cell Font Face 的默认列中选择 Arial-BoldMT。

进阶主题¶

离散映射¶

离散映射有几个实用功能，通过右键单击任何属性条目可以使用这些功能。

自动值生成器¶

映射值生成器：此菜单中的函数用于离散映射的值生成。用户可以选择这些功能来自动设置离散映射的值。

Rainbow 和 Rainbow OSC：这些函数尝试为每个数据值分配尽可能多的颜色集。
随机数和随机颜色：随机化数字和颜色。
数字系列：将一系列数字设置为指定的映射。需要一个起始编号和增量。
自适应标签宽度：此函数仅适用于节点的宽度和大小。如果用于节点宽度或大小为离散映射，则可以通过此功能来自动将每个节点的大小调整为其标签宽度。示例如下：

一次性编辑选定的值¶

你可以一次性设置多个值。首先，你需要选择需要改变值的离散映射，然后右键单击 Edit -> Edit Selected -> Discrete Mapping Values。在弹出的对话框中，你可以为选定的行输入新值。

使用连续映射编辑器¶

共有 3 种连续映射编辑器，它们每个都与特定的属性类型相关联：

编辑器类型	支持的数据格式	属性
Color Gradient Editor	Color	node/edge/border/label colors
Continuous-Continuous Editor	Numbers	size/width/transparency
Continuous-Discrete Editor	All others	font/shape/text/graphics/position/etc.

范围设置面板¶

每个连续映射编辑器都包含一个范围设置部分（标记为 Edit Handle Positions and Values）以及以下字段和按钮。

Handle Position：显示所选滑块的当前值，你也可以直接在此框中键入值，将滑块移动到精确位置。
Set Min and Max...：单击此按钮设置编辑器的整个范围。首次打开编辑器时，最小值和最大值根据数据列的范围（即映射列的最小值和最大值）进行设置。在弹出的对话框中，你可以手动输入最小值和最大值，通过单击 Reset 按钮重置为数据列的最小值和最大值。
Add：向编辑器添加一个新的控制块。
Remove：从滑块控制器中删除一个控制块。
Handle Value（例如 Node Fill Color）：单击此按钮可以编辑分配给所选控制块的值（例如：颜色）。

渐变编辑器¶

渐变编辑器是用于创建颜色连续映射的编辑器。默认调色板取决于用于映射的列中的值范围。要更改调色板，请单击当前调色板按钮并选择一个调色板。对话框还包括仅显示色盲友好和反转颜色的选项，用于反转调色板的颜色。要手动更改颜色，请双击控制器（顶部的小三角形），然后从任何调色板中选择一种颜色。仅当编辑器具有两个或更多控制器时才会创建颜色渐变（请参见下面的示例）。

1 个控制器（无渐变）	2 个控制器

连续-连续编辑器¶

连续-连续编辑器用于数值数据和数值属性（例如：大小，透明度）之间映射的创建。要更改 Y 轴上的值（上例中显示的属性为边宽度），拖动小方框或双击来键入确切的值。

连续-离散编辑器¶

连续-离散编辑器用于数值数据和离散属性（例如：字体，形状或线型）之间映射的创建。双击轨道上的图标编辑特定区域的值。

增强图形¶

增强图形提供对一组视觉样式直通映射的支持，以便与自定义节点图形一起使用。这些映射都是如下形式：

type: argument1="val1" argument2="val2"

其中 type 是图表或渐变的类型，参数是构建该图表或图形的说明。

要是用增强图形，首先将所需的映射添加到 Node 表中的新列，然后使用新列直通映射为 Custom Paint 属性创建一个样式。这会将你自定义的图表或图形添加到节点上。

下图显示了使用增强图形向节点添加第二个标签的示例。在这种情况下，将酵母 ORF ID 添加为二级节点标签，并偏移到节点的右上角。有关支持的图形类型的完整列表，请案件此处。其映射如下：

label: attribute=name labelsize=10 outline=false background=false color=orange

这种图表类型提供了一种可以将文本标签添加到具有比 Cytoscape 视觉属性提供的简单标签更多显示选项的节点的机制。参数有：

color：指定标签的颜色
attribute：从中获取标签的属性
background：是否在标签后面和网络顶部绘制半透明背景
bgcolor：背景颜色
dropShadow：在标签后面添加阴影
label：要绘制的标签
labelfont：用于标签的字体
labelsize：用于标签的字体大小
labelstyle：用于标签的字体样式
outline：字体轮廓
outlineColor：字体轮廓的颜色

有关添加增强图形工作流程的更详细说明，请参见教程。

管理样式¶

所有 Cytoscape 样式均从默认文件加载，用户无法修改。当用户对属性进行更改时，session_style.xml 文件将保存在会话文件中。这意味着，保存会话文件则不会丢失任何属性。在常规操作期间不会保存其他样式文件。

保存样式¶

样式会与创建的会话一起自动保存。退出 Cytoscape 之前，系统会提示你确定退出之前保存会话。也可以将样式保存至与会话文件不同的文件中。通过 File -> Export -> Styles to File... 菜单可以将样式保存到文件中，从而与其他用户共享样式。

你还可以更改 Cytoscape 以后所有会话的默认样式。通过单击 Style 部分中的 Option 下拉菜单，然后选择 Make Current Styles Default。这会将当前样式作为 default_vizmap.xml 文件保存到 CytoscapeConfiguration 目录（位于 HOME 目录中）。每次启动 Cytoscape 时将加载这些样式。

样式文件格式¶

Cytoscape 的本地样式格式为 Style XML。如果想要与其他 Cytoscape 用户共享样式文件，则需要将其导出为这种格式。

从 3.1.0 版本开始，Cytoscape 还可以导出与 Cytoscape.js 兼容的 JSON 文件。由于 Cytoscape.js 是一个独立的 JavaScript 库，Cytoscape 和 Cytoscape.js 之间存在一定差异，因此并非所有属性都映射到 JSON。导出器不支持以下属性：

自定义图形及其位置
边弯曲
嵌套网络
网络背景（注意：可以在 Cytoscape.js 中手动设置为标准 CSS）

导入样式¶

通过 File -> Import -> Styles from File... 菜单导入现有样式，然后选择一个 styles.xml（Cytoscape 3 格式）文件。如果属性存在相同的名称，则导入的属性将补充到现有属性或覆盖现有属性。你还可以使用 -V 命令行选项指定样式文件。从命令行加载的属性将覆盖所有默认属性。