数据导出¶

原始数据导出¶

在外部应用程序中使用来自 Cytoscape 的网络数据时需要将数据导出。由于 Cytoscape 网络包含多种类型数据，在导出各种数据类型时有多种选项。通过 File -> Export 可以获取这些选项（网络，表格和样式）。

Network Data Exchange (NDEx) 公共数据库¶

Network to NDEx 选项用于在公共 NDEx 服务器上存储网络。你可以使用 NDEx 公共服务器将网路存储在云端，与协作者共享网络或将网络存档并发布。要存储网络你需要首先创建一个免费的 NDEx 账户，通过访问 NDEx 公共服务器可以轻松创建账户。

Network to NDEx 选项仅将当前选择的网络保存到你的 NDEx 账户中。这样的网络适合其他应用程序和 Web 服务进行处理。因为它仅包含所选网络中的节点和边，而其它视图以及它们的节点和边均未写入。如果稍后重新导入该网络，则只会加载你保存的单个网络。

当你选择该选项时，将显示 CyNDEx-2 浏览器对话框，使你可以提供各种元数据对网络进行注释并使其在 NDEx 中更容易被搜索到。你可以通过编辑 Network Name 属性来设置网络名称。使用 Update Existing Network 选项可以覆盖网络的现有副本（如果你具有相关权限）。我们建议你提供尽可能多的元数据，并且始终至少提供 Version 和 Description 属性。

要导出网络，你必须首先通过填写配置文件表单将 NDEx 账户同 CyNDEx-2 浏览器相关联（如下图中的红色椭圆形）。

创建配置文件后，你就可以将网络导出到 NDEx 了。

作为网络保存的另一种方法，Cytoscape 网络面板的上下文菜单中也包含导出命令。

最后，工具栏中的 NDEx 按钮为导入和导出到 NDEx 提供了另一种便捷方式。

导出操作完成后，将显示确认对话框，如下图所示。如果你想与外部合作者共享网络或获得更多共享选项，请参阅 NDEx 上的 Uploading and Sharing Networks 指南。

有关 NDEx 的更多信息，请访问 NDEx Informational/Doc 网站。

网络¶

Network 选项用于导出网络数据。网络数据包括网络中的节点和边，如果选择的格式支持（例如：XGMML），还可以包括数据属性和可视化信息。网络数据可以导出为多种格式，包括：

SIF (Simple Interaction Format)
XGMML，包含或不包含样式数据
GraphML
PSI-MI Level 1 and 2.5
Cytoscape.js JSON (can be used with Cytoscape.js, a tool described in future sections)
CX JSON (for Cytoscape Cyberinfrastructure network exchange)
CX2 JSON

默认格式为 SIF，这是一种简单的制表符分隔的网络格式，仅提供节点名称和边交互。通过对话框中的下拉框可以选择该格式。系统会根据网络名称和所选格式自动建议一个文件名，并将当前工作目录作为文件默认路径。你可以使用文本框或 Browse... 按钮更改建议的文件名和路径。单击 OK 导出相应选项的文件。

表格¶

Table to File... 选项用于导出当前 Cytoscape 会话中可用的数据表。这包括可以在 Table Panel 中看到的节点、边和网络表格，以及任何未分配的表。当前支持的唯一导出文件格式是 CSV。

表格的导出对话框只有两个可选选项：要导出的表和文件名（文件类型始终为 CSV）。根据所选的表会给出建议使用的文件名，路径默认为当前工作目录。与导出网络一样，可以使用文本框或 Browse... 按钮更改建议的文件名和路径。单击 OK 导出所选的表。

表格面板中也提供了 Export Table to File... 的快捷按钮。

样式¶

Styles 选项用于导出当前 Cytoscape 会话中可用的一种或多种样式。支持的格式包括 Style XML（可以被 Cytoscape 3.x 版本导入）或 Cytoscape.js JSON（可以与 Cytoscape.js 一起使用）。

样式导出具有 3 个选项：导出格式、要导出的样式和文件名（根据当前目录和文件类型建议）。同导出网络和表一样，可以使用 Browse... 按钮或文本框更改建议的文件名。样式列表是一个多选列表，使用 Ctrl 或 Cmd 单击来选择多个不连续的样式，使用 Shift 单击来选择一系列连续样式。单击 OK 导出所选样式。

出版物级别导出¶

完成数据分析和可视化后，你可以发布数据共享结果。Cytoscape 有几种选项可以实现，其中大多数选项适用于 Cytoscape 用户，其他适用于创建特殊或复杂网络的程序员。

导出为 NDEx 网络¶

同其他人共享结果的最简单的方法是使用 Network to NDEx 或 Collection to NDEx 选项将网络保存在 NDEx 公共数据库中。然后，访问你的 NDEx 账户并启用 Sharable URL（类似 Google Doc 共享链接），以便将链接发送给其他人从而可以访问你的私有网络。

NDEx 还具有其他选项，使得可以：

申请一个适合于出版物的、申请书和报告的 DOI。
在 NDEx 中创建工作组和特定分享。
在你的网络上运行不同类型的查询。
对各种数据集进行多种分析，包括路径分析、大规模相互作用、药物-靶标关联网络等。

有关 NDEx 发布和共享功能的更多信息，请参见 NDEx 手册中的发布和共享网络。

导出为会话文件¶

与其他人共享结果的另一种简便方法是将所有内容另存为会话文件（压缩的会话存档）。单击 Save Session 图标可以保存当前会话。你可以将其保存到闪存、共享文件系统或网络存储目录（例如：Dropbox）。如果保存到共享目录，请注意不要让两个人同时使用 Cytoscape 处理同一个会话文件，这样可能会产生不可预测的结果。

导出为图像文件¶

Cytoscape 可以从网络视图生成出版物级别质量的图像。通过 File -> Export as Image... 可以将当前网络视图导出为如下格式：

JPG
PNG
PS (Post Script)
SVG
PDF

图像导出对话框根据所选格式不同选项也不同，文件类型和文件名称始终是可选的。PNG 和 JPEG 具有缩放选项，其他格式只有一个选项，即 Export Text as Font。根据所选表格给出建议的文件名，路径默认为当前工作目录。与原始数据导出一样，可以使用 Browse... 按钮或文本框更改建议的文件名。单击 OK 导出指定文件名和参数的图像。

我们建议使用 PDF 作为出版物级别的导出格式，因为它是标准的矢量图形格式，并且易于在其他应用程序（例如：Adobe Illustrator）中进行编辑。

已知问题¶

对于 PDF 格式，可以选择将文本导出为字体，该选项不适用于中文或日语等双字节字符。为了避免导出图像中文本损坏，当发布包含非英语字符的网络时，请取消选中该选项。

导出为交互式 Web 应用¶

Web 是用于数据共享和协作的绝佳平台，Cytoscape 提供了多种在 Web 上发布网络的方法，每种选择都会在便捷和自定义之间进行权衡。所有解决方案都利用 Cytoscape.js 绘图库，因此不仅可以查看，还可以使用 Cytoscape 风格的网络和属性交互式浏览。

最简单的选择是 CyNetShare，你可以在其中将网络（以及样式）保存在公共文件系统中，然后在浏览器中交互式查看网络。与 Google Maps 一样，你可以生成并发布一个 URL，该 URL 允许协作者查看你的网络。

另外，Cytoscape 可以生成一个完整的网站，其中包含一个预加载网络的查看器页面。你可以将其直接加载到自己的 Web 服务器上，从而成为网站的一部分。

最后，Cytoscape 可以生成网站的框架，以供 JavaScript 程序员进一步定制。

这些功能可以通过 File -> Export 菜单使用，在下文中将进行详细介绍。

例如，下图为 Cytoscape 中的一个网络：

下图为相同网络的交互式 Web 可视化：

注意

网络浏览器可以快速地呈现小型网络（例如：1000 个节点），尝试渲染大型网络（例如：5000 个节点）将花费很长时间。

将样式导出为交互式 Web 应用程序概括为一句话：Web 应用程序基于 Cytoscape.js 绘图库，并渲染 Cytoscape 样式的一个子集。更多有关信息，请参见导出至 Cytoscape.js 部分。

通过 CyNetShare 共享¶

CyNetShare 是一个局域浏览器的 Web 应用程序，用于呈现 JSON 格式的网络和保存在公共目录中的属性。可选的，你可以指定网络应用程序在 Cytoscape 中显示网络时使用的视觉样式。CyNetShare 与 Google Maps 相似之处在于，一旦你加载了网络并对其外观按照你的需要进行了调整，你就可以让 CyNetShare 生成一个新的 URL。该网址使 CyNetShare 预加载你的网络从而任何人都可以访问查看。

CyNetShare 使用方式如下：

选择 File -> Export -> Network to File... 将网络导出到公共目录，选择 Cytoscape.js JSON (*.cyjs) 导出文件格式。
可选的，选择 File -> Export -> Style... 导出样式设置，选择 Cytoscape.js (*.json) 导出文件格式。
使用公共目录系统来确定导出文件的 URL。
启动 CyNetShare。
输入网络的 URL 作为 Graph URL。
可选的，输入样式 URL。
单击 Visualize 按钮。

CyNetShare 网页上提供了 CyNetShare 用户指南。

注意

如果你指定了样式网址，该样式会添加到 CyNetShare 的 Visual Style 下拉列表的可选样式列表中，并且你可以通过列表来选择应用样式。CyNetShare 初始的视觉样式名称为 default，使用 Visual Style 下拉列表可以选择 Cytoscape 生成的 .cyjs 和 .json 文件样式。

注意

在公共目录系统中生成 URL 的机制是一个快速发展的问题。直到最近，诸如 Dropbox 等系统仍允许用户创建可直接解析为文件的 URL，直接的 URL 可用于 CyNetShare。在撰写本文时，某些公共目录系统（例如：Dropbox）会生成可共享的 URL，这些 URL 解析为一个允许下载文件的网址，可共享的 URL 与 CyNetShare 不兼容。提供共享 URL 的系统可能会在其高级（或专业）版本中提供直接的 URL。要判断你的公共目录系统生成的是否为直接的 URL，可以将生成文件的 URL 粘贴到浏览器中，如果观测到的是文件本身则是直接 URL，如果是下载页面则是共享的 URL。

获取直接 URL 的一种简单方式是将文件存储在由 Web 服务器提供的公共目录中。Web 服务器提供的 URL 可能显示为：http://myserver.com/~mypublicdir/netstyle.json。

或者，你可以使用 Gist 创建具有直接 URL 的共享网址：

使用 Cytoscape 在本地磁盘上将网络生成为 .cyjs 文件。
使用编辑器打开该文件并将其内容复制到剪切板。
使用网络浏览器浏览 Gist。
将内容粘贴到 Gist 文档中。
选择创建公开的 Gist。
选择 Raw 在浏览器地址框中选择直接的 URL。
在 CyNetShare 中使用该网址。

创建完整的 Web 应用¶

full page export 选项是为了希望将网络作为完整的应用发布的用户设计。Cytoscape 可以创建一个 zip 存档，其中包含一个完整的基于 JavaScript 的 Web 应用。该应用可用作 Cytoscape 生成的网络可视化的基础查看器。你可以将存档解压到 Web 服务器（或 PC）上，并通过 PC 或平板电脑上的 Web 浏览器查看网站。

为会话中所有网络生成一个 zip 存档，选择 File -> Export as Web Page...，将出现如下对话框：

这个简单的对话框只有两个选项：文件名和 Web 导出的类型。对于完整的 Web 应用，我们使用默认值。根据所选的表格会给出建议使用的文件名，路径默认为当前工作目录。与导出原始数据一样，可以使用文本框或 Browse... 按钮更改建议的文件名和路径。单击 OK 导出一个 Web 存档。

要查看网络，请将存档解压到 PC 或 Web 服务器上的文件夹中。该文件夹包含 index.html 文件、网络数据和其他文件。你可以在浏览器中打开 index.html 文件。

如下为从 Cytoscape 导出文件的示例：

Example full export deployed to web server

注意

由于 Cytoscape 使用最新的基于 HTML5 的 Web 技术，因此它不支持较旧或不符合要求的 Web 浏览器，例如：Internet Explorer。我们强烈建议你使用最新版本的现代浏览器，例如：Google Chrome，Mozilla Firefox 或 Apple Safari。

生成简单的网络视图（适用于 Web 应用开发人员）¶

Simple Network View 导出选项是为了希望将数据作为完整的单页面应用发布，同时希望自定义 Web 查看器的用户设计。Cytoscape 创建一个 zip 存档，其中包含基于 Cytoscape.js 库并包含简单的样板代码和当前网络视图的基于 JavaScript 的 Web 应用。用户通过自定义代码可以创建自定义的查看器。

同之前一样选择 File -> Export as Web Page... 可以为单个网络生成一个 zip 存档的网页。但这次需要选择如下图所示的 Simple viewer for current network only：

其他所有操作与之前一样，这次查看器将仅包含当前网络，单击 OK 按钮确认导出。

有关测试自定义的 Web 应用的说明，请参见上面的创建完整的 Web 应用。

使用 Cytoscape.js 功能扩展网页¶

从 3.6.2 版本开始 Cytoscape 核心应用开始支持 JSON，用户可以将自定义的 Cytoscape.js 事件添加到导出的网页中。在 web_session/scripts 目录中，添加一个 custom.js 文件，其中包含自定义的 JS 代码。

例如：在网页中向节点添加 linkouts（当用户单击节点时打开节点 href 属性指定的 URL），custom.js 文件如下：

// Notice that the `cy` object may only be referenced
// after the document has finished loading.

$(document).ready(function(){
  cy.on('tap', 'node', function(){
    try { // your browser may block popups
      window.open( this.data('href') );
    } catch(e){ // fall back on url change
      window.location.href = this.data('href');
    }
  });
});

每次导出网页时都必须进行此修改。如果要更改默认的导出模板，请参考下一节。

自定义导出模板（适用于 Web 应用开人员）¶

Cytoscape 为完整 Web 应用和简单网络视图 Web 应用生成的代码非常简单。尽管你可以自己直接修改此代码来创建自定义的页面或添加新功能，但这些修改将仅应用于单个导出的网络。如果你是 Web 应用开发人员，可以通过编辑 ~/CytoscapeConfiguration/web 目录中的 HTML5 模板代码来改变所有生成应用的导出代码：

在此文件夹中，你可以找到上述完整 Web 应用和简单网络视图对应的目录。

依赖¶

要构建这些项目，需要安装以下工具：

Node.js
gulp
grunt

完整导出模板¶

这是一个使用 grunt 构建的基于 AngularJS 的 Web 应用。源代码和更多文档可在此处获得：https://github.com/idekerlab/cyjs-full-export。要构建项目，请输入：

grunt

简单导出模板¶

这是一个由简单的 gulp 项目生成的模板，源代码可在此处获得：https://github.com/idekerlab/cyjs-export-simple。要构建项目，请输入：

gulp

使用自定义模板导出¶

在构建之后，你可以通过自定义的构建替换完整和简单的内容来部署你的模板。