Linkout¶
Linkout 提供了一种在 Cytoscape 里面链接节点和边到外部资源的机制。右键单击 Cytoscape 中的节点或边，将弹出一个菜单，其中包含一个 Web 链接列表。
默认情况下，Cytoscape 包含许多链接，例如：Entrez(NCBI)，SGD 和 Google 等用于特定领域的链接。除了默认链接之外，用户还可以使用 Cytoscape 首选项编辑器（位于 linkout 组中的 Edit -> Preferences -> Properties 下）来自定义 External Links 菜单并添加或删除链接。
外部链接在编辑器中以键值对的形式列出，其中 Property Name 表示链接的名称，Value 为搜索的 URL。Linkout 菜单可以通过键的一部分组织为一个层级结构。特定节点的 Linkout 的键以 nodelinkouturl 关键词开头，对于边则为 edgelinkouturl。
例如，如下条目：
nodelinkouturl.Model Organism DB.SGD (yeast)=http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/locus.fpl?locus=%ID%
将 SGD 链接放在 Model Ogranism DB 子菜单下。该链接在 Cytoscape 中显示为：
使用类似的方式可以添加新的子菜单。
URL 中的 %ID% 字符串是节点标签的占位符，生成弹出菜单时将替换为节点标签。在上例中，生成的 YNL050C 蛋白质 SGD 链接为：
如果要基于其他列进行查询，需要使用样式指定其他节点标签。
对于边，方法基本相同。但是此处的占位符 %ID1% 和 %ID2% 分别代表了源节点标签和目标节点标签。
目前没有机制能够检查构造的 URL 查询是否正确以及节点标签是否有意义。同样，各种标示符之间也没有 ID 映射。例如，从使用 Emsembl 基因标示符作为节点标签的网络到 NCBI Entrez 的链接将使用 Ensembl ID 生成到 Entrez 的链接，这将导致错误的链接。用户需要自行确保在 URL 链接中用作搜索词的节点标签可以生成有意义的链接。
添加和删除链接¶
默认链接定义在 CytoscapeConfiguration 目录中的 linkout.props 文件中。这些链接是常规的 Java 参数，可以直接通过文本编辑器或 Cytoscape 配置编辑器（Edit -> Preferences -> Properties...）并选择 linkout 进行编辑（如下图所示）。
另外，当从命令行启动 Cytoscape 时，可以通过指定单独属性来定义新链接。命令的格式为 cytoscape.sh -P [context_menu_definition]=[link]。其中，context_menu_definition 用于指定显示链接菜单项的上下文菜单。定义的结构为 nodelinkouturl 或 edgelinkouturl 后跟上一个 .，然后是 . 分隔的菜单层次结构。
将添加如下菜单项：
通过 Edit -> Preferences -> Properties... 并选择 commandline 从菜单中删除链接。在命令行中添加的 Linkout 仅用于当前运行的 Cytoscape 实例。