网络分析器¶

分析器可以为有向和无向网络计算一系列拓扑度量，包括：

节点、边和连接组件的数量。
网络直径、半径和聚类系数，以及特征路径长度。
拓扑系数、介数中心度和接近度中心度。
度分布、邻域连接度、平均聚类系数、最短路径长度、共享邻居数和重力中心度。

网络分析¶

分析网络¶

通过 Tools -> Analyze Network 运行分析。

根据网络是有向还是无向的，分析器会计算不同的统计信息。应用会根据目标箭头样式的定义来猜测网络的类型。

结果计算完毕后，将出现在结果面板中。

结果包含多个选项卡，通过面板底部的按钮可以访问。在此处可以找到有关网络度量的详细信息。

Simple Metrics
Node Degree Distribution
Clustering Coefficient
Topological Coefficient
Average Shortest Path Length
Neighborhood Connectivity
Betweenness Centrality
Closeness Centrality
Stress Centrality

分析节点子集¶

此工具的早期版本提供了分析所有节点或所选子集的选项，目前不再支持此功能。如果要分析子网络，需要使用 File -> New Network -> From Selected Nodes, All Edges 来预先创建所需的子网络。

绘图度量¶

运行分析器后，会在 Node Table 中添加额外的列（并在 Edge Table 中添加一个 EdgeBetweenness 列）。要绘制这些新列中的任何一个，右键单击列标题，选择 Plot Histogram... 绘制单个参数分布，选择 Plot Scatter... 绘制双变量数据图。在这两个图表的任意一个中都可以选择一部分数据，网络视图窗口中则会选择对应的节点（边）。

网络分析示例¶

完善的在线文档和 Network Analyzer 教程请参见：http://med.bioinf.mpi-inf.mpg.de/networkanalyzer/。

有关其他信息，请参阅 Yassen Assenov，Nadezhda Doncheva，Thomas Lengauer 和 Mario Albrecht，DOI: 10.1038/nprot.2012.004。