Cytoscape 和 OpenCL（利用 GPU 计算）

这是什么

Cytoscape 支持在 GPU，多核 CPU 和使用 OpenCL 的多核处理器上执行并行计算任务。Cytoscape 对 OpenCL 的支持主要用于为第三方 Cytoscape 应用提供统一的 OpenCL 访问，但某些核心功能（prefues layout）也需要 OpenCL 支持来提高性能。

OpenCL 可以在几乎所有设备上运行，包括没有专用 GPU 的计算机。尽管你可能需要为设备安装其他驱动程序，但你应该能够在可以运行 Cytoscape 的任何平台上使用 OpenCL 功能。

设置和配置

CyCL 核心应用程序（已经成为 Cytoscape 发行版的一部分）使你可以查看可用的 OpenCL 设备，并配置首选设备以进行 OpenCL 计算。通过 Edit -> Preferences -> OpenCL Settings... 查看设备列表并配置你的首选设备。

在大多数情况下，如果有应该首选 GPU 设备。如果在配置窗口中没有你打算使用的设备或根本没有任何设备，则可能需要安装 OpenCL 驱动程序。对于主要制造商的 GPU，OpenCL 驱动程序通常与图形驱动程序一起安装。如果你已经安装了最新的图形驱动程序，但仍未在列表中看到你的设备，请检查你的 GPU 制造商的网站。要在 CPU 或 Xeon Phi 上使用 OpenCL，你需要从 CPU 制造商的网页上单独下载安装驱动程序。

英特尔 CPU 的驱动程序可以在 https://software.intel.com/en-us/articles/opencl-drivers#latest_CPU_runtime 下载，查找 runtime-only。 AMD 要求您为旧硬件查找每个设备的驱动程序或使用 ROCm：https://github.com/RadeonOpenCompute/ROCm/wiki#What-Is-ROCm。

警告，安装 OpenCL 设备驱动程序后，需要重新启动 Cytoscape 才能查看到该设备。

OpenCL/GPU 故障排除

如果任何 OpenCL 应用程序都无法正常工作，可能有如下常见原因：

没有可用的 OpenCL 设备

诊断和处理：请参见上文中的设置和配置。

Cytoscape 控制台显示 Could not find OpenCL.dll

处理：确保 Java 系统属性 java.library.path 的值中列出了包含 OpenCL.dll 的目录（通常可以在 %windir\SysWOW64% 或 %windir%\system32 中找到）。你可以通过在 Cytoscape.vmoptions 文件中添加 -Djava.library.path=path1;path2 的形式类修改 java.library.path。你可以在 Cytoscape 安装目录中找到 Cytoscape.vmoptions。

计算机暂时没有响应

处理：如果你在处理主显示的 GPU 上运行计算并且计算占用 GPU 时间过长则会导致出现该问题，从而导致操作系统无法更新显示。如果操作系统检测到此错误，它将终止 GPU 计算。你可以尝试运行较小的计算，也可以配置 Timeout Detection and Recovery（TDR） 在系统无响应下也能完成计算。你可以在 Nvidia 论坛 和 Microsoft 页面 上获取更多信息。Microsoft 还提供了测试和调试 TDR 的页面。

我的问题不在列表中

尝试为你的 CPU 安装驱动程序。CPU 平台性能较低，但通常更可靠。如果这样做没有帮助，请在 StackOverflow 的 Cytoscape 标签帖子中寻求帮助。